Idexx, qui a développé un test spécifique aux animaux de compagnie, a mené une étude pour savoir si la pandémie a influencé le profil des autres infections respiratoires chez les animaux de compagnie.
Les coronavirus peuvent infecter plusieurs espèces différentes (incluant les animaux de compagnie). Ces dernières décennies, 3 souches zoonotiques de coronavirus ont émergé incluant le Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS-CoV), le Middle East Respiratory Syndrome (MERS-CoV) et récemment le SARS-CoV 2. Idexx, qui a développé et validé un outil diagnostic RT-PCR de ce dernier applicable aux animaux de compagnie, a cherché à savoir si la pandémie actuelle influence le profil des agents infectieux observés sur des échantillons respiratoires.
Protocole
L’étude multicentrique inclut tous les liquides de lavage broncho-alvéolaire (LBA) soumis pour analyse cytobactériologique et moléculaire (PCR) entre mi-février et mi-avril 2020 dans plusieurs centres situés en Asie, Europe et Amérique du Nord. La fréquence des différents agents pathogènes respiratoires est évaluée dans chaque centre, puis comparée avec les résultats obtenus dans les mêmes centres un an auparavant (de mi-février à mi-avril 2019). Compte tenu du très faible nombre de cas positifs décrits chez les animaux de compagnie (cf infra), la méthode RT-PCR est validée à l’aide de 48 isolements viraux prélevés chez des malades humains. La technique offre une performance (sensibilité, spécificité, précision et reproductibilité) de 100%. Aucun test de réactivité croisée avec les coronavirus félin et canin ne révèle de faux positif.
Résultats
Un total de 4616 cas (2150 chiens et 2466 chats) est inclus. Parmi les échantillons prélevés chez des chiens, 949/2150 (44,1%) présentent au moins un germe isolé dans leur LBA, dont 365 (16,9%) présentant des coïnfections par 2 agents. La coïnfection la plus fréquente est l’association Mycoplasma cynos et Bordetella bronchiseptica (129 cas). Chez les chats, un résultat positif est observé chez 1713/2466 cas (69,5%). Chez les 2 espèces, aucun échantillon ne révèle de résultat positif au SARS-CoV 2.
Comparaison avec l’année passée
Ces résultats sont confrontés à un panel de 5000 échantillons analysés sur la même période l’année précédente. Globalement, la proportion de cas positifs pour un pathogène donné semble discrètement supérieure en 2020 par rapport à 2019, avec une différence statistiquement significative, bien que cliniquement difficile à apprécier. La fréquence de chaque agent pris individuellement a peu évolué de manière générale.
Enseignements des résultats
Même si aucun cas évalué ne présente un résultat PCR positif au Sars-CoV-2, la littérature indique que plusieurs cas ont été détectés chez les animaux de compagnie (39 cas : 18 chiens et 21 chats). Dans la plupart des cas de transmission présumée de l’humain à l’animal, aucune indication clinique n’est disponible rétrospectivement. Dans la majorité, les signes cliniques sont très discrets, bien que 4 chats aient été présentés pour des signes respiratoires de gravité variable (1 cas grave) et 1 autre chat avec des ulcérations de la muqueuse orale.