Le statut vaccinal interfère avec l’évolution du coronavirus de la bronchite infectieuse aviaire 

Les santés animale et humaine ont à apprendre l’une de l’autre, est-il ressorti d’une récente communication de  l’Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses) faisant état d’une nouvelle étude sur la bronchite infectieuse aviaire, qui est une maladie respiratoire provoquée par un coronavirus. Ce coronavirus est le premier à avoir été découvert dans les années 1930. La maladie respiratoire qu’il provoque occasionne de lourdes pertes économiques pour les filières. La lutte passe par des mesures de biosécurité et d’hygiène, en association avec des campagnes de vaccination. Les vaccins utilisés sont des vaccins vivants atténués. D’après les remontées terrain, il a été suggéré que l’usage intensif de la vaccination pouvait être un facteur contribuant à l’émergence de nouvelles souches. De fait, l’objectif de l’étude était d’évaluer l’effet de la vaccination des poulets sur l’évolution génomique du coronavirus. L’étude a été publiée en juin 2022 dans la revue Viruses.

L’expérimentation a consisté à comparer l’évolution génomique des souches virales de 2 lots de poulets, un lot vacciné, et un lot témoin. Trois semaines après la vaccination, 5 volailles par lot ont été infectées expérimentalement. 5 jours après, les scientifiques ont récupéré les souches virales produits par ces 1ers animaux, pour infecter 5 autres individus. L’opération a été répétée une 3e fois. « Nous avons constaté que le virus évolue rapidement dans les deux lots de poulets. Son génome présente des mutations par rapport à celui du virus initialement utilisé pour infecter les poulets. À la fin du cycle d’infections, le génome majoritaire était différent entre les deux lots : chez les virus provenant du groupe vacciné, une seule mutation avait été sélectionnée contre huit chez les non vaccinés », a indiqué Paul Brown, co-auteur de l’étude, dans le communiqué de l'Agence. Cette différence dans le nombre de variants s’expliquerait par « la réduction de la charge virale (environ 10 fois) du fait de l’immunité induite par la vaccination », est-il précisé dans l’étude. Il est aussi souligné que les conséquences d’un point de vue phénotypique de ces différents variants ne sont pas connues, et qu’on ne sait pas non plus si ces variants se seraient maintenus ou auraient disparu dans le temps. Malgré tout, « il est clair que les populations virales n’ont pas évolué de la même manière suivant le statut vaccinal », et il est important d’avoir en tête que ces évolutions sont observées dans un contexte expérimental, avec un nombre limité d’animaux, ce qui peut être différent de ce qu’on observerait sur le terrain avec des passages viraux sur des milliers d’animaux : « est-ce que cela renforcer les effets observées dans cette étude, ou au contraire, y-aurait-il un effet de dilution ? »

Ce constat appelle à choisir « des stratégies vaccinales capables autant que possible de stopper complètement l’infection virale. Pour cela, il est important de choisir le bon vaccin, adapté à la souche du virus qui circule sur le terrain. En effet, plus la souche du vaccin est proche de celle en circulation, plus le vaccin est efficace », a indiqué Paul Brown. De plus, ces résultats peuvent faire écho à la gestion sanitaire du Covid-19 : « Tout n’est pas comparable, ce ne sont pas les mêmes espèces et les enjeux chez l’être humain et les volailles sont différents. Les types de vaccin, majoritairement à ARNm chez l’humain et à base de virus vivant atténué chez les volailles, sont très différents. Néanmoins, cela nous permet d’anticiper les problématiques que l’on pourrait rencontrer chez l’humain. »

Dans ce sens, un travail avec le CHU de Lyon a été initié sur la différence d’évolution du Sars-CoV2 entre personnes vaccinées et non vaccinées.