Les campagnols terrestres: une source de zoonoses ?

Une prévalence élevée d’infection par Leptospira a notamment été détéctée par PCR spécifique des Leptospira pathogènes chez des campagnols terrestres dans le cadre du projet pré-PATHOZOON. En effet, une équipe de chercheurs de l’Inrae (Institut National de la recherche agronomique et de l’environnement) a cherché avec ce projet de recherche, porté par le Réseau thématique de recherche pour la santé et le bien-être animal en région Auvergne Rhône Alpes (SAARA), à mettre en évidence (par des techniques de biologie moléculaire)  la présence de virus et de bactéries zoonotiques dans des échantillons issus de plusieurs populations d’A. terrestris en Auvergne.

Comme l’ont rappelé les chercheurs, les populations de l’ordre des rongeurs, comme les campagnols terrestres, colonisent souvent l’habitat des ruminants domestiques en contact étroit avec l’humain et sont connues pour être fréquemment infectées par des agents zoonotiques. Ils constituent par conséquent une source potentielle d’agents pathogènes pour les populations animales et humaines. C’est pourquoi, dans le cadre du projet pré-PATHOZOON, des chercheurs ont étudié 46 campagnols terrestres (prélèvements d’organes, d’urine et de sang (ADN et ARN)) sur trois prairies similaires d'un point de vue écosystémique utilisées pour l’élevage de ruminants. Des PCR (polymerase chain reaction) spécifiques de Leptospira groupe pathogène, de Coxiella burnetii, de pan coronavirus et de SARS-CoV-2 ont été réalisées ainsi qu'un . séquençage aléatoire du transcriptome entier (RNA-seq) des prélèvements.

Parmi les résultats obtenus, une prévalence élevée d’infection par Leptospira a été détectée (36 individus avaient au moins un organe testé positif par PCR spécifique des Leptospira pathogènes) avec des proportions de campagnols infectés qui variaient de 57 % à 94% selon les sites. Selon les auteurs de l’étude, "la prévalence élevée observée dans cette expérimentation pourrait être liée à une situation épidémiologique particulière ou à la méthodologie de prélèvement rapide, réduisant les contaminations post-mortem et par conséquent, favorisant la détection des ADN de leptospires par PCR". Par ailleurs, aucun agent de type Coxiella burnetii (fièvre Q) ou de coronavirus n’a été détecté toutefois, le séquençage massif a permis de caractériser quelques virus zoonotiques. Ainsi, sept familles virales différentes dont un virus faiblement zoonotique, Tula-orthohantavirus, ont été détectées pour trois individus issus des trois sites d’échantillonnage. Cette distribution suggère, selon les auteurs de l'étude, "une circulation virale à bas bruit". 

Les données obtenues dans le cadre de cette étude indiquent donc que même si la diversité des agents zoonotiques est limitée dans ces trois populations de campagnols terrestres, la proportion d’individus infectés par Leptospira est particulièrement élevée, ce qui souligne leur contribution potentiellement importante pour assurer la persistance de ces bactéries dans l’écosystème prairial. Selon les chercheurs, ces études nécessitent toutefois d’être étendues à d’autres zones. Par ailleurs, afin de préciser le rôle des campagnols terrestres dans l’épidémiologie de ces infections, comme l'indiquent les chercheurs, "il sera nécessaire d’étudier plus largement la distribution spatio-temporelle de ces agents parmi ces populations de campagnols et chez d’autres hôtes partageant le même habitat".