Cette surveillance vaut aussi bien pour les animaux domestiques que pour la faune sauvage et liminaire sensible au virus. L'Académie recommande aussi de procéder à un séquençage systématique pour chaque cas trouvé positif.
Comme il est rappelé, plusieurs cas de contamination animale ont été décrits, tant pour des espèces domestiques - chiens, chats, lapins, hamsters dorés, que pour la faune sauvage détenue - grands félins, grands singes, hippopotame, loutre - ou pas - cerfs de Virginie, loutres, martres, blaireaux - en captivité. Des animaux d'élevage, les visons, ont aussi été touchés.
Certaines de ces descriptions de cas sont associées à des hypothèses de transmission retour à l'humain. C'est le cas par exemple pour les élevages de visons où les scientifiques suspectent qu'après avoir été transmis à l'animal, le virus a pu ensuite recontaminer l'humain : " En France, la diffusion épidémique de Covid-19 due au variant Marseille-4 (B.1.160) en 2020 semble avoir émergé d’un élevage de visons en Eure-et-Loir ", est-il ainsi écrit. Autre exemple : outre Atlantique, en Amérique du nord, le cerf de Virginie a montré sa très grande sensibilité au virus : " cette espèce est en surpopulation approche les zones urbaines ou suburbaines, ce qui a vraisemblablement favorisé sa contamination par l’Homme. La séroprévalence des anticorps anti-SARS-CoV-2 a été évaluée entre 13,5 et 70% chez ces cervidés sauvages, avec un pic à 82,5% pendant la saison de chasse aux États-Unis. Elle s’élève à 94,4% chez les animaux en captivité, probablement en raison de leur promiscuité. (...) ", est-il écrit. Dans ce contexte de séroprévalence élevée, " une nouvelle lignée très divergente du SARS-CoV-2, découverte au Canada chez le cerf de Virginie a été isolée d’un cas humain dans la même région, suggérant une possible transmission du cerf à l’Homme ". En Asie, à Hong-Kong, les autorités sanitaires n'excluent pas la possibilité d'une contamination retour d'un hamster à une employée d'animalerie, suivi ensuite d'une propagation épidémique avec transmission interhumaine.
Tous ces cas animaux posent, de plus, la question de la constitution possible de réservoirs, est-il souligné dans le communiqué.
Surveiller et séquencerDans ce contexte, qui est caractérisé par encore beaucoup d'incertitudes (ce qui est bien reflété par la question posée en guise de titre du communiqué : "Réservoir animal de SARS-CoV-2 : une menace pour l’Homme ?"), les Académiciens émettent plusieurs recommandations :
- maintenir une surveillance continue des infections détectées chez les animaux domestiques ainsi que dans la faune sauvage et liminaire sensible au SARS-CoV-2 ;
- effectuer un séquençage systématique pour chaque cas trouvé positif en RT-PCR ;
- avertir les personnes infectées, symptomatiques ou non, qu’elles doivent appliquer aussi les mesures d’isolement vis-à-vis des animaux vivant dans leur entourage ;
- informer les chasseurs, les travailleurs forestiers et toute personne exerçant une activité au contact de la faune sauvage et liminaire (centres de soins spécialisés, zoos...), ainsi que les visiteurs des parcs animaliers, sur les risques zoonotiques encourus.