Un nouveau génotype d'H5N1 détecté chez les bovins laitiers aux Etats-Unis

Aux Etats-Unis, la dynamique d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) dans les troupeaux bovins laitiers ne s’éteint pas, bien au contraire. En témoigne la détection pour la première fois du génotype, le D1.1 du H5N1 (clade 2.3.4.4b) chez des bovins laitiers fin janvier 2025, dans l'Etat du Nevada. Il s’agit, par ailleurs, de la première détection du virus H5N1 chez les bovins de cet Etat.

La détection du génotype D.1.1 s'est faite dans le cadre de la stratégie nationale du contrôle du lait de l'USDA (département de l'Agriculture des Etats-Unis), lancée via arrêté fédéral le 6 décembre 2024. Quarante Etats sont intégrés à ce programme.

Cette stratégie vient dans la continuité de mesures déjà prises par l’USDA depuis le début de l’épidémie chez les vaches laitières. En effet, depuis avril 2024, un arrêté fédéral avait rendu obligatoire le dépistage des vaches laitières en lactation avant tout déplacement entre Etats. L’arrêté du 6 décembre a étendu cette obligation de dépistage à « toute entité qui envoie ou conserve du lait pour la pasteurisation » incluant donc notamment les entreprises de transformation laitière.

Cela se manifeste concrètement par une surveillance par échantillonnage au niveau des silos d’usine. Selon l’USDA, « la taille de l'échantillon dépend du nombre de laiteries dans l'État. Dans certains États, il peut s'agir de 75 % ou plus des laiteries de l'État. » En cas de résultat positif sur lait cru, une enquête est enclenchée afin d’identifier les élevages touchés.

Pour le cas du Nevada, le virus avait été détecté dans des échantillons de lait de mélange, prélevés début janvier (source : bulletin hebdomadaire de veille internationale, plateforme ESA). L'enquête a permis d'aboutir à deux élevages suspects. Le virus H5N1 a été ensuite retrouvé dans le lait du tanks de deux troupeaux. Les analyses génétiques ont également identifié une mutation d’adaptation aux mammifères, non présentes chez les séquences d’origine aviaire. 

Le génotype D1.1 circulait déjà chez les oiseaux, au moins depuis septembre 2024. Il était devenu dominant en Amérique du nord, chez l’avifaune sauvage, et les volailles domestiques (et autres cas sporadiques de mammifères), et le principal génotype détecté dans l’avifaune sauvage des voies de migration nord-américaines cet automne et hiver. Ainsi, cette détection chez les bovins illustre une nouvelle introduction du virus dans les exploitations. Jusqu’à présent, seul le génotype B3.13 circulait dans le bétail.

A noter qu'au moment de la détection, les vaches ne présentaient pas de signes cliniques ; de plus, les éleveurs ont signalé une forte mortalité d'oiseaux sauvages aux alentours. 

Selon les données communiquées par les CDC, au 11 février 2025, ce sont déjà 967 troupeaux bovins laitiers qui ont été confirmés positifs au virus H5N1, dans 16 Etats américains.

Depuis la fin de l’année 2024, le génotype D1.1 a aussi été détecté chez des humains. En 2024, un cas a été confirmé au Canada en novembre (British Columbia), et deux cas aux Etats-Unis dans les Etats de Washington et Louisiane en décembre. Si les deux premiers cas se sont avérés à priori bénins, le cas de Louisiane était très grave, avec un décès de la personne malade. Cette dernière avait été exposée à des volailles infectées. Pour l’heure, il s’agit du seul cas grave, et du seul décès lié au H5N1 aux Etats-Unis. Tout récemment, début février 2025, une infection humaine à H5N1 a été confirmé aux Etats-Unis, dans le Nevada. Le malade, qui n'a présenté qu'une conjonctivite, avait été exposé à des vaches malades. Si le génotype D1.1 n'a pas été confirmé, cela semble plausible du fait de sa propagation dans les élevages laitiers. Depuis 2024, 68 cas humains ont été confirmés dans ce pays, dont 41 concernant des travailleurs d'exploitation laitière. Le cas détecté au Canada était également grave, mais sans que cela ne se termine par un décès ; le malade était une adolescente de 13 ans. Dans ce cas, la source précise de la contamination n’est pas connue.

Ni le génotype B3.13 ni le génotype D1.1 du H5N1 du clade 2.3.4.4b n’ont été détectés en Europe.