L’équipe de recherche vient de mettre au point une puce à ADN révolutionnaire

C’est une révolution dans le monde de la biologie moléculaire et de la détermination des causes d’avortement chez la jument : l’équipe du laboratoire Frank Duncombe vient en effet de mettre au point un système de révélation sur “puces” à ADN. Ce procédé est le premier à être élaboré en Europe dans le cadre de cette affection. Le système des puces à ADN (encore appelé microdamier, ou microarray) fait aussi l’objet de travaux en médecine humaine pour la recherche sur certains cancers, des allergies, des profils inflammatoires et/ou le suivi de patients greffés.

Le laboratoire Frank Duncombe a travaillé en partenariat avec la société AES Chemunex-Adiagène⁽¹⁾ pour réaliser ce projet, comme cela avait déjà été le cas pour la mise au point d’un kit de dépistage de Neospora caninum, un parasite responsable d’avortements chez les bovins. De nombreuses étapes ont été nécessaires pour l’élaboration de ces puces à ADN. Ce travail de recherche aura duré trois ans.

De nouveaux agents pathogènes révélés en France

La première étape a consisté à déterminer les agents infectieux responsables des avortements et à cibler les fragments d’ADN ou d’ARN qui allaient être recherchés, afin de les disposer sur la “puce”. Les travaux d’Albertine Léon, chef de service adjointe à la recherche et au développement, ont débuté par l’analyse systématique de ces causes infectieuses sur le terrain. « Certaines étaient déjà bien identifiées, d’autres comme la chlamydiose, la fièvre Q et la leptospirose ont en revanche été révélées alors qu’elles étaient moins connues en France », explique notre confrère Guillaume Fortier, directeur du département santé animale du laboratoire.

Des détections ponctuelles d’herpès virus équin de type 2 (EHV 2) et de type 5 (EHV 5) ont aussi été mises en évidence pour la première fois en France. Le rôle abortif réel de ces deux virus reste toutefois à confirmer. Deux à trois cas d’infection à Neospora caninum ont également été identifiés. « L’une des étapes délicates a été de mettre en place les sondes à ADN : elles ne doivent pas interférer les unes avec les autres et, selon leur taille et leur caractéristique, elles ne nécessitent pas les mêmes conditions chimiques de révélation », souligne notre confrère. Cette étape cruciale pour la détection simultanée de nombreux agents pathogènes a demandé un investissement en temps important. Elle a permis d’aboutir à l’amplification et à la révélation d’une douzaine d’agents infectieux en une seule manipulation.

La puce à ADN offre un gain de temps considérable

L’objectif de cette micropuce est de confronter et de révéler la présence ou l’absence du matériel génétique de l’agent pathogène dans chaque échantillon testé. Auparavant, une douzaine de manipulations étaient nécessaires. Aujourd’hui, avec ce nouveau système, une seule suffit. Cette méthode sera précieuse tant pour les vétérinaires que pour les éleveurs : il devient en effet possible, en seulement quelques heures, de détecter la présence d’un agent infectieux (éventuellement contagieux) au sein d’un haras et de mettre en place au plus vite des mesures sanitaires pour éviter sa propagation. La demande est forte chez les éleveurs pour lesquels la survenue d’avortements peut avoir un impact économique important. Le bénéfice pour le vétérinaire est élevé aussi. L’épisode d’artérite virale équine, survenu récemment en France, souligne l’intérêt d’une telle démarche. Désormais, quelques heures suffiront entre l’arrivée de l’échantillon, l’extraction des tissus de l’avorton (placenta, foie et poumon sont recommandés), l’amplification du matériel génétique et sa confrontation avec la puce à ADN. Douze agents pathogènes sont testés avec une seule puce : Streptococcus zooepidemicus et S. equi, EHV 1, 2, 4 et 5, le virus de l’artérite virale, les leptospiroses pathogènes et saprophytes, la fièvre Q, la chlamydiose, Neospora caninum. « C’est un système évolutif, explique en outre Albertine Léon. Il est possible d’ajouter la recherche d’autres agents pathogènes si nous le jugeons pertinent, selon les maladies émergentes et les besoins des professionnels. »

A terme, ces puces pourraient aussi être déclinées pour d’autres espèces animales, mais également pour d’autres maladies équines (troubles respiratoires, etc.).

De nombreux autres travaux sont en cours de développement

Le laboratoire Frank Duncombe travaille sur de multiples autres projets en recherche équine. Enfin d’année dernière était mise en évidence, pour la première fois en Europe et en France, la présence du EHV 5 lors de maladies respiratoires. Cet agent est désormais systématiquement recherché. Il reste à analyser son rôle dans ces affections et sa pathogénicité. Le rôle joué par les herpès virus dans les maladies inflammatoires des chevaux à l’entraînement est également un sujet d’étude majeur. Les recherches au sein du laboratoire abordent des domaines variés qui vont « du virus EHV 1 neuropathogène aux troubles de la croissance, en passant par des travaux sur la recherche de marqueurs biologiques des ulcères gastriques », précise Stéphane Pronost, à la tête du service recherche et développement. Une étude sur les marqueurs du stress oxydant est aussi en cours. En outre, le laboratoire propose une activité quotidienne d’analyses biochimiques, hématologiques, cytologiques, bactériologiques, parasitologiques et la réalisation de tests de compatibilité fœto-maternelle.

• (1) AES Chemunex, rue Maryse Bastié-Ker Lann, 35172 Bruz Cedex ; Adiagène, 38 rue de Paris, 22000 Saint-Brieuc.