Le typage des souches d’E. coli contribue aussi à déterminer leur pouvoir pathogène potentiel

Escherichia coli est largement impliquée dans les affections digestives, et dans la moitié des septicémies du veau. Le diagnostic de certitude fait appel au laboratoire, qui permet aussi d’orienter le traitement en établissant un antibiogramme », a expliqué Philippe Nicollet, du Laboratoire d’analyses Sèvres Atlantique, lors des journées nationales des GTV en mai dernier. Les colibacilloses du veau semblent être majoritairement septicémiques, d’origine digestive, parfois compliquées de localisations secondaires, notamment pulmonaires. La bactériologie et la recherche de facteurs d’agglutination (adhésines) permettent de confirmer le rôle d’E.coli dans la maladie observée. En effet, une souche d’E.coli est pathogène lorsqu’elle exprime un ou plusieurs facteurs de virulence (adhésion aux muqueuses et colonisation, franchissement des muqueuses, résistance aux défenses de l’organisme, effet toxique), qui peuvent être recherchés par m-PCR (multiplex polymerase chain reaction). Le génotypage des souches avec cet outil permet donc de distinguer plus précisément celles qui détiennent un pouvoir pathogène potentiel des souches commensales normales du tube digestif. Toutefois, « certains E.coli pourraient exprimer les facteurs de virulence, mais ne le font pas. Il est donc important de faire la différence entre génotype et phénotype », a insisté Philippe Nicollet. Pour éviter tout diagnostic par excès, il est donc nécessaire d’associer la présence du pathotype (ou génotype) de la souche à l’observation de signes cliniques évocateurs d’entérite néonatale ou de septicémie.

Malgré son coût, le typage moléculaire permet de comprendre la pathogénie

« En Côte-d’Or, le génotypage d’E. coli est utilisé seulement lors d’affections néonatales graves, souvent en cas d’entérites sévères, de septicémies avec une origine digestive, d’échecs thérapeutiques en l’absence de virus et de cryptosporidies associés à une forte antibiorésistance », a souligné Eric Guéneau, du Laboratoire départemental de Côte-d’Or (Dijon), lors du même congrès. La culture, à partir de fèces ou d’organes, génère un nombre important de colonies qui peuvent représenter des souches différentes parmi lesquelles il faut choisir. « La nature des prélèvements effectués est un élément important de l’interprétation des analyses de typage moléculaire. »

Les E. coli les plus pathogènes étant souvent ceux qui possèdent un fort pouvoir d’adhésion à la muqueuse intestinale, voire une capacité à la franchir, il convient, pour le génotypage, de toujours privilégier les souches porteuses d’adhésines ou celles isolées à partir du segment extra-intestinal (poumon, encéphale, rate, foie, etc.). Le choix est parfois difficile entre deux souches sans adhésines isolées de fèces. Eric Guéneau a cité le cas de deux adultes présentant une symptomatologie identique, morts à quelques heures d’intervalle. Le typage réalisé sur les fèces du premier animal n’a montré aucune anomalie, alors que celui effectué sur la rate du second a révélé un profil ultrapathogène. Aucune adhésine n’a pu être mise en évidence sur ces deux souches.

« Cette méthode diagnostique ne peut être réalisée en première intention en raison de son coût », a souligné le conférencier. Elle intervient dans un contexte de morbidité ou de mortalité élevée. Même si son résultat est tardif, le typage permet au praticien de comprendre la pathogénie de la colibacillose et d’établir un dialogue avec l’éleveur sur des bases objectivées, qui seront prises en considération dans la réflexion sur les traitements et la prévention à mettre en place.

• Source : Eric Guéneau.