Une filière mineure et mal connue

En France, la filière piscicole compte 600 élevages pour une production de 37 000 t de poissons environ. Trois grandes régions productrices sont distinguées : l’Aquitaine, la Bretagne et la région Nord-Picardie. 74 % des fermes piscicoles élèvent des espèces d’eau douce (truite arc-en-ciel), 16 % en étangs (type gardons) et 10 % des poissons marins (turbots, saumons). Cette filière dite mineure possède des AMM pour cinq molécules seulement (oxytétracycline, florfénicol, fluméquine, association triméthoprime-sulfamides, acide oxolinique). Elle a donc forcément recours à la cascade (existence d’un risque de sous-estimation de la consommation). À noter que les céphalosporines ne sont pas utilisées chez les poissons. Les rares données disponibles proviennent du volume de ventes enregistré par l’ANMV (0,5 % du tonnage pour un Alea de 0,217) et du recensement effectué tous les dix ans par l’interprofession en salmoniculture (en 2007, un élevage sur deux utilisait des antibiotiques, du florfénicol et de la fluméquine essentiellement).

Trois projets de recherche amorcés en 2015

La dissémination de l’antibiorésistance est réputée plus rapide en milieu aquatique, en raison d’une grande diversité de bactéries et de possibilités de rencontres et d’échanges importants. À la flore autochtone du milieu aquatique s’ajoutent des bactéries d’origine humaine, qui viennent notamment des stations d’épurations, et d’autres issues des animaux terrestres, liées aux pratiques d’épandage et au phénomène de ruissellement. Peu de données sont disponibles sur la présence de bactéries résistantes, car ce n’est pas un paramètre réglementaire. Par conséquent, il n’existe pas de plan systématique de surveillance, ni à l’abattage ni dans les élevages.

Trois projets de recherche débuteront en 2015 : Effort et Flor-co concernent l’étude de la flore commensale, Antibio-fish l’étude pathogène. Deux autres sont déjà en cours : Anpi (travail quantitatif et qualitatif sur l’utilisation des antibiotiques en aquaculture) et Aquares (étude pilote sur la présence de bactéries résistantes en amont et en aval des piscicultures).

Le projet Anpi effectue un recensement dans 100 élevages représentatifs, inclut un questionnaire et une visite sur site. Le projet Aquares s’attachera, sur 20 sites choisis en Bretagne et en Normandie, via des analyses microbiologiques et les mesures de certains paramètres (pH, salinité, température, débit, oxygénation), à fournir une sélection pertinente d’indicateurs de la dissémination de l’antibiorésistance applicables à cette filière, à définir un échantillonnage par une méthodologie analytique et à élaborer des outils épidémiologiques.