Nouveaux enjeux pour la sélection génétique en aviculture

Devant l’attente sociétale de bien-être des animaux, la mondialisation et la prise en compte de l’environnement, de nouveaux enjeux apparaissent pour la sélection génétique des volailles, d’après une synthèse bibliographique présentée lors des journées de la recherche avicole à Tours (Indre-et-Loire), en mars dernier.

De nombreux critères autres que la production

La sélection a permis une progression importante des performances, notamment l’augmentation de la vitesse de croissance ou l’amélioration de l’efficacité alimentaire, afin de répondre à la demande du marché. Toutefois, des défauts (comme des troubles articulaires) ou des déviations du comportement (comme le picage) sont observés plus fréquemment chez les animaux sélectionnés.

Devant ces constats, les critères de sélection sont amenés à évoluer. La production n’est plus le seul critère d’intérêt. Un compromis entre la performance et de nombreux caractères de robustesse de l’animal, son comportement et ses capacités reproductives, est désormais recherché, en tenant compte des relations génétiques, favorables ou défavorables, entre tous ces critères. L’interaction entre la génétique et l’environnement est également recherchée : conditions d’élevage, climatiques ou alimentaires particulières, les animaux devant pouvoir exprimer leur potentiel génétique dans des milieux variés. L’évolution de la réglementation en matière de bien-être des animaux motive également cette recherche d’interaction. Enfin, c’est en fonction des conditions d’élevage des animaux voués à la consommation que doivent être étudiées les interactions entre génétique et environnement.

Méthodes de sélection

La génomique a révolutionné la sélection, en permettant de trouver des régions du génome (quantitative trait loci : QTL) impliquées dans le déterminisme de certains caractères, et, dans certains cas, de choisir les animaux portant les mutations à l’origine de gains de performances. Le séquençage du génome du poulet a été effectué en 2004, suivi par celui de la dinde en 2010 et celui du canard commun en 2013. Les séquençages du génome de la pintade, du canard de barbarie et de la caille japonaise sont en cours. La variabilité génétique d’un animal peut alors être étudiée en considérant tout le génome, et en couplant ces données à une méthode statistique : il s’agit de la sélection génomique, qui permet ainsi de choisir directement les animaux, et dès leur naissance, sur les caractères d’intérêt recherchés. Très utilisée chez les bovins, elle doit encore être développée chez les volailles. Le génotypage reste toutefois coûteux. De plus, les investissements sont importants en raison de la multiplicité des lignées, car chacune doit être caractérisée sur le plan génomique. Des publications montrent néanmoins que les progrès sont meilleurs pour la plupart des caractères visés par la sélection génomique en poules pondeuses et en poulets de chair, par rapport aux procédés classiques. Des études sont en cours sur d’autres espèces.

En parallèle, des méthodes de phénotypage fin par des technologies de pointe se développent et la sélection génomique est d’autant plus efficace que les mesures phénotypiques sur lesquelles elle porte sont fiables (teneur en lipides du muscle par spectrométrie en proche infrarouge, engraissement par résonance magnétique nucléaire, par exemple). Par ailleurs, la récolte de données couplée à l’identification des animaux par puce électronique devrait assurer un suivi individuel des performances : cette méthode est en cours d’étude pour la consommation alimentaire et la ponte.

Enfin, les recherches sur l’influence du génome de l’animal sur le microbiote intestinal, qui a des répercussions sur la santé et les performances, vont également permettre d’orienter la sélection vers l’optimisation de cette flore digestive.