Un catalogue des gènes du microbiote intestinal porcin est publié

L’Institut national de la recherche agronomique (Inra) et ses partenaires internationaux¹ viennent de publier le catalogue des gènes du microbiote intestinal porcin². C’est une première concernant une espèce animale d’élevage. Ces travaux ouvrent non seulement des perspectives importantes dans la compréhension des interactions entre hôte, microbiote intestinal et environnement, mais apportent aussi des ressources majeures pour la recherche biomédicale et l’élevage.

Pour réaliser ce catalogue, les chercheurs ont séquencé l’ADN fécal de 287 porcs provenant de France, du Danemark et de Chine. Étaient représentées 17 races ou lignées issues de 11 élevages différents dans ces trois pays. 7,7 millions de gènes ont ainsi pu être identifiés.

Les chercheurs précisent qu’un petit sous-ensemble de gènes a été retrouvé chez tous les porcs étudiés, confirmant l’existence de gènes bactériens communs, mais aussi une importante variabilité individuelle.

Cette étude a mis en exergue que si 96 % des fonctions biologiques identifiées dans le microbiote intestinal de l’homme sont présentes dans celui du porc – ce qui confirme le potentiel offert par l’utilisation des porcs pour la recherche biomédicale –, inversement, seulement 78 % des fonctions identifiées dans le catalogue des gènes du porc sont retrouvées chez l’homme, suggérant des fonctions additionnelles dans le système digestif de cet animal. En outre, ces travaux ont mis en évidence la présence de gènes de résistance aux antibiotiques chez tous les porcs inclus dans l’étude issus des trois pays. Ils ont cependant observé que la charge en gènes de résistance aux antibiotiques est beaucoup plus élevée chez les porcs chinois, chez lesquels sont administrés des antibiotiques en continu, tout au long de leur période d’élevage. Ces résultats confirment ainsi l’importance de supprimer l’usage des antibiotiques dans l’alimentation pour réduire le risque de dissémination dans l’environnement de gènes de résistance aux antibiotiques.
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¹ L’université de Copenhague (Dannemark) ; le Beijing Genomics Institute, Shenzhen (Chine) ; le National Institute of Nutrition and Seafood Research (Norvège).

² Liang Xiao et coll. A reference gene catalogue of the pig gut microbiome, Nature Microbiology, article number 16161 (2016), doi: 10.1038/ nmicrobiol.2016.161.

Inra 2016.