VetCompass, un concept d’épidémiologie collaborative

Le Royal Veterinary College (RVC), en collaboration étroite avec l’université de Sydney (Australie), a eu l’idée d’utiliser les données cliniques que chaque vétérinaire conserve dans son logiciel de clientèle, afin de créer une base de données numériques géantes utilisable dans la recherche en épidémiologie animale. VetCompass était né. Son histoire a commencé par un projet pilote lancé d’abord au Royaume-Uni en 2007. Le but était de décrire l’usage fait en pratique courante des corticostéroïdes systémiques chez les chiens et les chats. Trois cliniques y participaient, et la population étudiée incluait environ 30 000 chats et 20 000 chiens. Aujourd’hui, environ 10 % des cliniques britanniques (470 sur 5 000) collaborent à VetCompass, ce qui représente presque 6 millions d’animaux de compagnie (dont environ 2,7 millions de chiens et 1,8 million de chats).

Des cohortes de plus de 100 000 animaux

Si une centaine de personnes participent actuellement à l’aventure, l’initiative est celle d’un vétérinaire, Dan O’Neill, qui, après avoir pratiqué pendant 20 ans, a voulu aider à l’amélioration de la santé animale à grande échelle. « Grâce à ma rencontre avec David Church et Dave Brodbelt au RVC, j’ai eu l’opportunité de faire quelque chose qui n’avait encore jamais été fait via mon PHD en épidémiologie », se souvient-il. Grâce à ce projet, validé par le comité éthique et bien-être du RVC, les chercheurs espèrent améliorer la santé et le bien-être animal, par une meilleure connaissance des maladies (prévalence, sévérité, longévité, mortalité). De plus, l’identification plus précise des facteurs de risque de chacune d’entre elles facilitera leur prévention. « Ce projet promet d’être l’une des plus grandes avancées de ce siècle pour la recherche en santé ani male », se félicite Dan O’Neill. En effet, jusqu’à présent, les données utilisées dans les études épidémiologiques provenaient essentiellement des universités. Aujourd’hui, en utilisant VetCompass, elles sont issues autant de grands centres spécialisés que de cliniques généralistes plus petites. La cohorte d’animaux étudiés est immense (plus de 100 000 en général). De plus, la répartition géographique des structures prenant part au projet est très similaire à l’implantation des cliniques vétérinaires au Royaume-Uni. On comprend donc que l’usage de ces big data vétérinaires via VetCompass assure une bien meilleure représentativité des échantillons étudiés.

Une participation sur la base du volontariat

En pratique, toute clinique vétérinaire peut participer au projet sur simple demande. Le vétérinaire doit, par la suite, obtenir l’aval du propriétaire pour envoyer les données cliniques de son animal. Tout propriétaire est libre de changer d’avis. Les anciennes données seront alors effacées de la base. Les informations sont collectées en temps réel. Elles incluent les caractéristiques physiques de l’animal (espèce, race, sexe, statut physiologique – castré ou non –, date de naissance, couleur du pelage, poids au moment de l’examen), la souscription ou non à une mutuelle de santé, la zone géographique de consultation, l’examen clinique, le diagnostic et le traitement mis en place par le vétérinaire traitant. Chaque animal reçoit un code d’identification unique. Cela permet de collecter les données cliniques pour un même individu dans le temps. De plus, ce code garantit la confidentialité des informations récoltées. Bien que non obligatoire, l’usage des termes médicaux définis par VeNom (Veterinary Nomenclature), qui équipe déjà de nombreux logiciels de gestion de clientèle au Royaume-Uni, simplifie la démarche de traitement des données reçues. Celles non codées le seront manuellement par les chercheurs.

Une extension du projet à d’autres pays

Une vingtaine d’études portant sur les chats et les chiens ont été publiées à ce jour et d’autres sont en cours. Pour exemple, en juillet 2016, une publication s’est intéressée au diabète sucré félin. L’étude a inclus 193 435 chats provenant de 118 cliniques. Elle a estimé la prévalence de la maladie sur une période d’environ 5 ans (septembre 2009 à août 2014) à 0,58 % et identifié certains facteurs de risque, comme l’appartenance aux races norvégien, burmese et tonkinois. La plupart des études sont disponibles gratuitement en ligne. De plus, une communication grand public a été initiée via la création d’une librairie audiovisuelle (mise en place, notamment, d’une chaîne YouTube), de posters résumant des conclusions d’études (pouvant être affichés en salle d’attente de chaque vétérinaire participant) et de ressources interactives. En 2013, l’Australie a lancé son VetCompass, et d’autres pays vont suivre (Allemagne, Danemark, Espagne, Nouvelle-Zélande et Suède). Dan O’Neill nourrit aussi l’ambition, à terme, de créer un programme qui pourrait prédire en temps réel les hypothèses diagnostiques possibles en fonction de ce que le vétérinaire écrit dans son logiciel de clientèle.
•