Résistance des bactéries en filière volaille

Les niveaux de résistance des bactéries aux antibiotiques chez les volailles sont évalués par deux systèmes de surveillance complémentaires. La réglementation européenne impose des contrôles programmés, aléatoires et réguliers sur des couples antibiotique-bactérie commensale et zoonotique dans les viandes et les animaux consommés, qui ont lieu, en alternance, les années paires pour les poules, les poulets et les dindes, les années impaires pour les animaux de boucherie. De son côté, le Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) collecte les données provenant d’antibiogrammes et les souches d’intérêt isolées dans le cas d’infection chez les animaux.

Des résultats encourageants en surveillance programmée

Trois espèces bactériennes sont contrôlées chez les volailles : Campylobacter jejuni, Salmonella spp. et Escherichia coli, avec des prélèvements dans les caeca et dans les viandes. Les résultats 2016 montrent que le pourcentage de bactéries E. coli sensibles à tous les antibiotiques est en hausse : il atteint 18,7 % chez la dinde et 20,2 % pour les poules et les poulets, versus respectivement 4,5 et 17 % en 2007. Toutefois, 22,9 % des souches isolées chez les poules et les poulets sont résistantes à quatre antibiotiques, et 17 % de celles provenant de dindes le sont à cinq antibiotiques. Une augmentation de la proportion de souches E. coli résistantes aux céphalosporines est constatée au cours du processus de transformation : 3,2 % sont trouvés dans la flore dominante, 44 % dans la flore sous-dominante des caeca et 63,2 % dans les viandes. Des souches E. coli productrices de ß-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont découvertes dans plus de 50 % des prélèvements de viande de poulet. Toujours chez ce dernier, la proportion de souches de C. jejuni sensibles à la streptomycine, à la gentamicine et à l’érythromycine a augmenté entre 2009 et 2016, alors qu’elle a diminué pour les quinolones et les fluoroquinolones. Les carbapénèmases n’ont pas été mises en évidence dans les prélèvements effectués en 2016.

E. coli, espèce dominante en pathologie aviaire

Les antibiogrammes adressés au Résapath sont toujours dominés par E. coli (78,26 %) et par les poules et les poulets (61,68 %). Trois quarts des 13 480 antibiogrammes reçus proviennent de cinq laboratoires. 91 % des antibiogrammes sont effectués lors de septicémie, 8 % lors d’arthrite et 6 % d’affection respiratoire. Dans le cas des poules et des poulets, comme des dindes et des canards, les souches d’E. coli prélevées sont majoritairement sensibles aux aminosides (à 93 % ou plus) et à l’enrofloxacine (93 à 95 %), 46 à 64 % sont sensibles à l’amoxicilline, et 34 (canards) à 58 % (poulets) à la tétracycline. Les souches de Staphylococcus aureus collectées chez les poules et les poulets sont majoritairement sensibles aux antibiotiques fréquemment testés, mais 8 % ont été trouvées intermédiaires ou résistantes à la méticilline (Sarm), une proportion stable depuis 2015, et le gène mecA a été mis en évidence (clone ST398) chez les trois souches collectées par le réseau. Chez les dindes, une augmentation des résistances aux associations triméthoprime-sulfamides et amoxicilline-acide clavulanique est notée en 2016. En filière poules pondeuses et poulets de chair, une telle progression est aussi constatée, et se retrouve pour d’autres antibiotiques (amoxicilline, spectinomycine ou streptomycine) et les quinolones.
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