Détection du génome de virus influenza aviaire H5 dans des échantillons d’air

L’épizootie d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) de l’hiver 2016-2017 a été l’occasion pour des chercheurs de l’Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses) d’évaluer la présence du virus dans des échantillons d’air collectés à l’intérieur, à l’extérieur et sous le vent de bâtiments d’élevage de volailles infectées par un virus de sous-type H5N8. En effet, des recherches antérieures font suspecter une transmission aéroportée du virus. Pour exemple, des études de terrain ont détecté et isolé le virus dans la fraction alvéolaire des aérosols (c’est-à-dire la fraction de l’air correspondant aux particules de diamètre inférieur à 5 µm, pouvant pénétrer dans les voies respiratoires profondes) dans des marchés de volailles vivantes en Chine. D’autres ont montré, par modélisation mathématique, que la diffusion liée au vent pouvait expliquer 24 % des transmissions dans un rayon de 25 km.

Des prélèvements d’air sur plusieurs emplacements

Dans cette étude de terrain, trois lots de canards (A, B, C) et deux lots de poulets (D, E) contaminés sont sélectionnés dans les Landes et les Pyrénées-Atlantiques. Dans trois cas sur cinq, les animaux sont confinés à 100 % lors de la réalisation des prélèvements. Le lot E était déjà en cours de chargement dans des caissons à CO₂ à l’extérieur du bâtiment lors de la visite. Les prélèvements d’air sont réalisés entre janvier et mars 2017, à l’aide d’un échantillonneur d’air Coriolis^®μ microbial. Dans chaque exploitation, l’air est d’abord collecté à une distance entre 50 et 110 m du bâtiment, puis à 5 m, ensuite au niveau des sorties d’air, et enfin à l’intérieur du bâtiment. Pour le lot E, les échantillons sont prélevés à 110 m, à l’intérieur du bâtiment et à 1 m du camion. Pour finir, un échantillon d’air témoin est également collecté à une distance de plus de 5 km de tout élevage. L’ensemble des caractéristiques des lots inclus dans cette étude sont résumées dans le tableau ci-dessous.

Une détection du génome jusqu’à 100 m des bâtiments d’élevage

Une analyse RT-PCR temps réel gène M ¹ n’a pas mis en évidence de génome viral dans l’échantillon témoin. Pour les autres lots, les analyses RT-PCR gènes M et gène H5 ² ont détecté la présence du génome viral IAH5 pour tous les échantillons d’air collectés à l’intérieur des bâtiments (5/5), au niveau des sorties d’air (4/4), à la distance de 5 m des bâtiments (4/4), ainsi que pour l’échantillon du lot E prélevé à 1 m du camion. Pour les échantillons collectés à une distance de 50 et 100 m, seuls les lots A, D et E sont positifs. La quantité de génome viral décelée varie entre 4,33 et 6,09 log₁₀ de copies d’ARN^{par m3 pour les lots de canards et entre 4,54 et 6,43 log₁₀ pour ceux de poulets. La concentration maximale mesurée dans cette étude correspond à l’échantillon du lot E prélevé au niveau du camion. Les concentrations sont les plus variables d’un lot à l’autre à l’intérieur des bâtiments. Les moins élevées sont mesurées pour les lots D et B, ce dernier présentant la plus faible proportion de pools d’animaux positifs, associée à la plus faible concentration en génome viral intra-bâtiment. Enfin, l’étude révèle une diminution des concentrations avec l’éloignement de l’exploitation, probablement liée à un phénomène de dilution.}