Le microbiome : clé de la pathogénie de la dermatite atopique ?

Le microbiome désigne la communauté formée par les micro-organismes commensaux symbiotiques et pathologiques présents dans et sur le corps, avec une attention particulière pour leur génome. Cela inclut bactéries, archées, virus, champignons, protistes et arthropodes.

Microbiome humain

90 % des cellules présentes chez un homme ne sont pas humaines (ce qui représente 1 à 2 kg par individu). L’humain et son microbiome forment ainsi un super-organisme. Le génome humain est identique à 99,99 % entre individus : ce sont les gènes présents dans le microbiome qui influencent, entre autres, le système immunitaire et le métabolisme. Bien que peu propice à leur développement, la peau (froide, acide et sèche, pauvre en nutriments et action antibactérienne de molécules de la sueur) abrite néanmoins 10 milliards de bactéries. La variabilité interindividuelle dépend de nombreux facteurs : climat, localisation géographique, ethnie, statut immunitaire de l’hôte, mode de vie, physiopathologie de l’hôte, âge, expositions précédentes et sexe. Les individus vivant au sein d’un même foyer (humains et chiens) partagent le même microbiome. De plus, posséder un chien augmenterait la diversité bactérienne sur la peau d’un adulte.

L’Human Microbiome Project étudie le microbiome humain et ses conséquences sur l’organisme (système immunitaire, métabolisme, comportement, etc.). Il existe ainsi un lien reconnu entre dysbiose et maladie, notamment entre les flores fécales et cutanées et les manifestations de dermatite atopique chez l’homme (différence entre les flores fécales des individus atopiques et sains, mais également entre la flore fécale des enfants qui développeront une dermatite atopique et ceux qui resteront sains). Les antibiotiques systémiques et les perturbateurs de la flore intestinale apparaissent donc comme des facteurs de risque de dermatite atopique. A contrario, l’amélioration des signes cliniques lors de dermatite atopique peut être obtenue en modifiant la flore intestinale.

Microbiome cutané canin

Les microbiomes canin et félin diffèrent de celui de l’être humain¹. Cela s’expliquerait par les pratiques d’hygiène et des critères environnementaux. Tout comme chez l’homme, il existe une diversité significative du microbiome entre les individus (de l’ordre de 45 %) qui varie notamment selon les saisons et les localisations corporelles. Par exemple, la commissure des lèvres, les narines et les conjonctives ont une diversité moins importante que les autres sites. La plus grande diversité se situe au niveau du pavillon auriculaire interne et la plus faible en région périanale. La race compte pour seulement 9 % de la variabilité. Le microbiome influence par ailleurs l’odeur du chien : des chiens sains avec une forte odeur corporelle auraient une plus faible diversité de leur microbiome associée à une plus grande abondance de Malassezia et de Staphylococcus pseudintermedius.

À l’instar de ce qui est observé lors de dermatite atopique chez l’homme, une dysbiose a été montrée lors de dermatite atopique canine, caractérisée par une diminution de la diversité bactérienne en régions velues non lésionnelles. De plus, il a été montré que, lors de poussée inflammatoire, la proportion des bactéries de la famille de Staphylococcaceae augmente alors que celle des Fusobacteriaceae diminue. Ces modifications sont d’autant plus marquées que les lésions sont sévères. Le traitement des poussées inflammatoires permet de restaurer la diversité bactérienne.

Microbiome cutané félin

Le microbiome félin varie également selon la localisation anatomique, le sexe, la race (Malassezia prédomine chez le devon rex), le nombre de congénères. La plus grande diversité bactérienne est observée sur les tempes et la plus faible sur les muqueuses et dans les conduits auditifs. De même que chez le chien et l’homme, le microbiote est différent entre les chats allergiques et les sujets sains. Si le nombre global d’espèces bactériennes n’est pas modifié, la proportion de bactéries du type Staphylococcus est plus importante chez les individus allergiques. Chez le chat, l’ensemble du corps est concerné par ces modifications du microbiote et pas seulement les sites lésionnels.
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¹ Composé d’Actinobacteria, de firmicutes, de Malassezia chez l’homme ; de Proteobacteria, de firmicutes, d’Actinobacteria, de champignons de l’environnement (Alternaria, Cladosporium) chez le chien ; de Proteobacteria, de Bacteroidetes, de firmicutes, d’Actinobacteria, de Fusobacteria chez le chat.