Bilan Résapath 2017 pour la f ilière avicole

Pour l’année 2017, 13 245 antibiogrammes d’origine avicole ont été transmis au Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath), soit 23,5 % des antibiogrammes reçus (2^e position). Ce nombre est en baisse de 1,7 % par rapport à 2016, alors même que davantage d’antibiogrammes, toutes espèces confondues, ont été récoltés (+ 5 % en 2017, + 30 % en 2016). Les bactéries isolées proviennent majoritairement des poules et des poulets (64 % des antibiogrammes), suivis des dindes (19 %) et des canards (13 %).

Escherichia coli est majoritaire

La bactérie Escherichia coli est isolée dans près de 78 % des antibiogrammes, à raison de 53 % chez les poules/poulets, 12 % chez les dindes et 9 % chez les canards. Les autres bactéries fréquemment isolées sont Ornithobacterium rhinotracheale (4,8 %), surtout chez la dinde (4,63 %), Staphylococcus aureus (4,6 %) et Enterococcus cecorum (3,5 %), surtout chez la poule et le poulet. (3,3 % et 3,38 %). Les septicémies sont les maladies les plus représentées (75 % des antibiogrammes reçus), avant l’arthrite (8 %) et les affections respiratoires (6 %).

Une augmentation des souches E. Coli sensibles

Depuis 2006, en filière poules/poulets, la diminution de la résistance d’E. coli est significative pour tous les antibiotiques testés, sauf les quinolones (tendance stable). Pour la filière dinde, elle l’est pour tous, notamment pour la tétracycline (- 51 % en 11 ans), à l’exception de la gentamicine (stable). Ainsi, en 2017, la proportion de sensibilité d’E. coli varie de 57 à 100 % pour les poules/poulets, de 52 à 99 % pour les dindes, et de 41 à 99 % pour les canards. Ces taux sont supérieurs à 96 % pour la gentamicine, supérieurs à 94 % pour l’enrofloxacine, et varient de 75 à 80 % pour la triméthoprime et l’association triméthoprime-sulfamides pour les poules/poulets et les dindes (contre 61 % pour les canards). à noter que pour les aminosides, la résistance à la gentamicine a atteint son niveau de résistance le plus bas depuis 2013. Cette proportion est, en revanche, réduite pour l’amoxicilline, à raison de 57 % de souches sensibles pour les canards, 52 % pour les dindes, et 67 % pour les poules/poulets, ainsi que pour la tétracycline, avec 60 % de souches sensibles chez les poules/poulets et les dindes, et 41 % chez les canards. Néanmoins, pour les poules/poulets, la résistance à l’amoxicilline a atteint son niveau le plus bas depuis 2014. Pour les auteurs, la baisse de la résistance à la tétracycline dans les filières avicoles est « le phénomène le plus marquant » sur ces dix dernières années.

Une résistance aux C3G/C4G et aux fluoroquinolones toujours en baisse

La baisse de la résistance de E. coli aux céphalosporines de 3^e et 4^e générations (C3G/C4G) se poursuit pour être inférieure à 2 % chez les poules/poulets et les dindes en 2017. Ce bon résultat ne doit pas occulter le fait que la sélection des bactéries résistantes n’est pas uniquement liée à l’exposition aux antibiotiques en élevage. En effet, les proportions de résistances aux C3G/C4G chez l’animal sain et sur les produits alimentaires restent élevées, en comparaison avec celles des isolats d’E. coli cliniques. Des contaminations à d’autres étapes de la chaîne alimentaire (jusqu’à la transformation des produits) sont à prendre en compte dans la lutte contre l’antibiorésistance. De la même manière, la résistance aux fluoroquinolones (marbofloxacine ou enrofloxacine) continuent à diminuer avec des niveaux inférieurs à 3 % pour les dindes et d’un peu plus de 5 % pour les poules/poulets.

Une baisse de la multirésistance

Entre 2011 et 2017, la proportion de souches sensibles aux cinq antibiotiques¹ a doublé en filières avicoles. En 2017, une souche sur deux ne présente aucune résistance à ces antibiotiques (46,5 % chez les poules/poulets et 56,6 % chez les dindes). De la même manière, entre 2011 et 2017, la proportion de souches MRA (résistantes à au moins trois familles d’antibiotiques sur les cinq testés) a diminué de manière significative. Cette dernière est faible en 2017, à raison de 4,9 % chez les poules/poulets et de 2 % chez les dindes. En ce qui concerne les combinaisons de résistance, chez les poules/poulets, les souches résistantes au ceftiofur² présent plus fréquemment une résistance associée à la tétracycline (83 % versus 44 % pour l’ensemble des souches) et aux fluoroquinolones (14 % versus 5 %). Pour les dindes, les effectifs sont trop faibles pour établir des comparaisons.

Une situation favorable pour la colistine

Entre 2003 et 2017, une augmentation significative de la proportion d’E. coli sensibles, c’est-à-dire présentant des diamètres de zone d’inhibition supérieurs ou égaux à 18 mm, est notée. Cette conclusion a été confortée en 2017, certains laboratoires du Résapath ayant comparé le test Colispot à la méthode de référence (mesures des concentrations minimales inhibitrices, ou CMI). Sur 191 souches d’E. coli issus de dindes, les résultats du Colispot étaient identiques à ceux de l’antibiogramme par diffusion. De la même manière, sur 1 369 souches d’E. coli de poules/poulets testés, seules 7 étaient non interprétables à la méthode par diffusion, alors qu’elles étaient sensibles au Colispot, et 1 était résistante à la méthode de référence, alors que le Colispot était revenu résistant. Pour rappel, les diamètres supérieurs à 18 mm sont considérés actuellement comme un résultat sensible, ceux compris entre 15 et 17 mm comme non interprétable et ceux inférieurs à 15 mm comme résistant. Pour les auteurs du rapport, ces résultats reflètent « une situation maîtrisé » de la diffusion des E. coli pathogènes résistantes à la colistine, et « un résultat majeur au plan épidémiologique ».
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¹ Les cinq antibiotiques sont le ceftiofur, la gentamicine, la tétracycline, la combinaison triméthoprime-sulfamide, l’enrofloxacine ou la marbofloxacine. Ils sont utilisés pour l’analyse de la multirésistance aux antibiotiques (MRA) des souches de E. coli, définie comme la résistance acquise à au moins un antibiotique dans trois familles d’antibiotiques ou plus.

² Le niveau de résistance d’E. coli au ceftiofur est l’indicateur choisi par la Résapath pour évaluer le niveau global de résistance aux céphalosporines de troisième et quatrième génération.

Pour consulter le bilan : bit.ly/2AaeqGE.