Intérêts de la PCR et de la culture bactérienne lors de mammites

La sensibilité (seuil de détection) de la quantitative polymerase chain reaction (qPCR) en temps réel est supérieure à celle de la culture bactérienne pour identifier les bactéries dans le lait. Toutefois, sur le terrain, la culture bactérienne garde son intérêt pour les laits de quartier, d’après Bernard Poutrel, qui a présenté ce sujet lors des dernières journées nationales des groupements techniques vétérinaires (GTV).

PCR sur lait de tank

Le principal intérêt de la qPCR est d’identifier en quelques heures des pathogènes présents en faible quantité dans le lait, grâce à sa grande sensibilité. Utilisée sur le lait de tank, cette technique permet de déceler des pathogènes pouvant induire un problème de santé publique, tels que les salmonelles ou Listeria, mais aussi des staphylocoques entérotoxinogènes. Les vaches excrétrices peuvent ensuite être identifiées de proche en proche, en réalisant la PCR sur des laits de mélange d’animaux répartis en lots.

Pour identifier un modèle épidémiologique (de type contagieux ou environnemental) dans un troupeau, la PCR utilisée sur le lait de tank n’est informative que si les analyses sont réalisées fréquemment, ce qui peut être difficile à prescrire en routine économiquement. En effet, il est difficile de déterminer si certains pathogènes (Escherichia coli, Streptococcus Uberis ou les staphylocoques à coagulase négative) proviennent de la mamelle ou d’une contamination environnementale. En revanche, l’interprétation des résultats est plus facile quand sont identifiées dans le lait de tank des espèces bactériennes d’apparition nouvelle ou à localisation intramammaire telles que Streptococcus agalactiae ou des mycoplasmes.

PCR sur lait de quartier

Lors du prélèvement de lait de quartier, les vétérinaires doivent respecter de façon scrupuleuse des conditions parfaites d’asepsie, ce qui est souvent difficile sur le terrain, afin d’établir un diagnostic bactériologique fiable. En effet, compte tenu de la très grande sensibilité de la PCR, plusieurs espèces bactériennes différentes (deux à quatre) sont fréquemment identifiées, certaines d’entre elles résultant de contaminations. Il est alors difficile de savoir quelle est l’espèce réellement impliquée dans la mammite. Les kits commerciaux du type PathoProof^® proposent une présentation des résultats sous forme semi-quantitative pour les espèces bactériennes identifiées en moins de 30 cycles de réplication. L’espèce bactérienne donnant le signal “le plus fort” peut alors être considérée comme celle qui est responsable de la mammite, ce qui n’est pas toujours vérifié en cas de contaminations d’importance sensiblement égales ou supérieures à la population à l’origine de l’infection

De plus, la qPCR peut indiquer la présence de bactéries non viables et aboutir notamment à conclure à des faux positifs dans le cas d’infections bactériologiquement guéries ou à la non-efficacité d’un traitement.

Augmenter la sensibilité de la culture bactérienne

La culture bactérienne ne peut mettre en évidence que des bactéries vivantes. Elle ne peut pas être utilisée, contrairement à la PCR, pour des laits contenant des conservateurs ou des antibiotiques. Elle peut aboutir à des résultats faussement négatifs. C’est le cas lors de réaction inflammatoire importante, dans les mammites cliniques aiguës à coliformes ou à excrétion intermittente à Staphylococcus aureus, par exemple. Elle peut également aboutir à des cultures faussement négatives avec du lait congelé, car les coliformes sont partiellement détruits par la congélation en raison de la “fragilité” de leur peptidoglycane. Il est possible d’augmenter la sensibilité de la culture bactérienne en utilisant un inoculum sur gélose de 50 ou 100 µl plutôt que 10 µl, comme cela est recommandé par le National Mastitis Council ¹, et d’utiliser en parallèle un bouillon avec un inoculum de 1 ml. Cette procédure permet de réduire les résultats faussement négatifs à 2 à 5 %, contre 20 à 30 % avec l’inoculum de base.
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¹ National Mastitis Council. Microbiological procedures for use in diagnosis of bovine udder infection and determination of milk quality. 2004. 4^th ed, Verona, Wisconsin.

Pour en savoir plus :

Poutrel B. Le diagnostic bactériologique des mammites par PCR est-il fiable ? Bull. GTV. 2019;93:73-78.