Actualités scientifiques sur les coronavirus porcins

L’importance des coronavirus en médecine vétérinaire, connue depuis longtemps, est toujours d’actualité. La première coronavirose d’intérêt vétérinaire identifiée a été la bronchite infectieuse des volailles¹, en 1931. Pour le porc, le premier coronavirus, le virus de la gastroentérite transmissible porcine², a été découvert peu de temps après, en 1947. Dans cette espèce animale, les infections à coronavirus du système gastro-intestinal sont les plus courantes d’un point de vue clinique et, lors de crises épizootiques, ont un impact majeur sur l’industrie porcine mondiale.

Les coronavirus (ordre : Nidovirales, sous ordre : Cornidovirinae, famille : Coronaviridae, sous-famille : Orthocoronavirinae) sont des virus enveloppés avec un génome de type ARN simple brin de polarité positive (25-30kb) caractérisés par une grande diversité génétique³. Six coronavirus porcins sont actuellement identifiés : 4 alphacoronavirus (le virus de la gastro-entérite transmissible vGET, ainsi que son variant naturel le coronavirus respiratoire porcin vCRP, le virus de la diarrhée épidémique porcine vDEP et l’alphacoronavirus entérique porcin SeACoV), un betacoronavirus (virus de l’encéphalomyélite hémagglutinante porcine aussi appelé virus de la maladie du vomissement et du dépérissement vEHP) et enfin le deltacoronavirus porcin (vDCP).

Tous les coronavirus entériques (vGET, vDEP, vDCP, SeACoV) provoquent une gastroentérite aiguë, quel que soit l’âge du porc. Les signes cliniques sont classiques : anorexie, diarrhées aqueuses et vomissements. Ils surviennent entre 1 et 3 jours après l’infection et ne durent généralement pas plus de 10 jours. En plus de la morbidité, l’infection peut aussi entraîner une mortalité importante chez les porcelets nouveau-nés, en particulier en absence de protection maternelle : jusqu’à 100 % de mortalité pour le vGET et le vDEP, 40 % à 80 % pour le vDCP et 30 % à 100 % pour le SeACoV. La suspicion clinique d’infection à coronavirus entériques ne pourra être confirmée que par des analyses de laboratoire⁴ (sérologique de type ELISA ou moléculaire de type RT-qPCR) .

Le vGET a été l’une des causes principales des épizooties associées au système gastro-intestinal^5,6 au cours des années 1960 à 1980. Actuellement, son impact sur l’industrie porcine est moindre comparé à celui des autres coronavirus entériques et se limite à l’identification de cas sporadiques rarement associés à une clinique très marquée. Ceci est dû en grande partie à l’émergence du vCRP qui induit une protection croisée quasi parfaite contre le vGET et a entraîné la disparition presque complète de ce dernier⁷. Le vCRP, quant à lui, provoque majoritairement des infections respiratoires considérées sans gravité (formes sub-cliniques). Son implication en tant que cofacteur potentiel dans les pathologies du système respiratoire porcin a été peu investiguée jusqu’ici.

Le vDEP est responsable d’épizooties sévères chez les porcs avec un impact majeur sur l’industrie porcine mondiale depuis les années 2010 en Chine et 2014 en Amérique du Nord. L’émergence de souches hautement virulentes de ce virus a ainsi causé la perte de plus d’un million de porcelets en Chine et 10 % du cheptel de porcs aux États-Unis⁸. En Chine, le vDEP est devenu le 3^e agent pathogène le plus important pour la filière (qui représente plus de 50 % de la population porcine mondiale) après le virus de la peste porcine africaine (PPA) et le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire du porc (SDRP). Le vDEP est maintenant enzootique dans ces deux pays, et dans une large partie du monde, avec une circulation très active de souches plus ou moins virulentes. Des études récentes réalisées au laboratoire de l’Anses Ploufragan ont démontré que les souches moyennement virulentes de vDEP (S-InDel) avaient des taux d’excrétion et de propagation moins importants que les souches hypervirulentes (S-non-InDel) qui, en plus d’une transmission par contact direct, peuvent se transmettre par voie aérienne^9-11.

En Europe, des cas d’infection associés à des souches de moyenne virulence sont rapportés, mais de façon sporadique, depuis les années 2014. Un seul foyer dû à une souche hypervirulente a été recensé en Ukraine en 2014 sans propagation à des pays européens tiers¹². En France, une surveillance événementielle de la DEP mise en place en 2014 a permis la détection de 3 foyers de souches de vDEP de moyenne virulence en 2014, en 2017 et en 2019. Les différentes souches identifiées étaient proches phylogénétiquement de souches contemporaines circulant dans les pays européens, ce qui pointe l’importance des échanges commerciaux dans la diffusion et la propagation de ces agents pathogènes. De plus, une enquête sérologique nationale réalisée par l’Association nationale sanitaire porcine a conclu à une situation favorable à l’égard de la DEP en France (séroprévalence estimée de 0,7 % sur 5399 sérums analysés) et confirme l’hypothèse d’introductions sporadiques sans diffusion massive au sein de la filière^13,14.

Les souches hypervirulentes qui avaient été classées comme danger sanitaire de catégorie 1 ne sont actuellement plus dans la liste des pathogènes d’intérêts de la nouvelle loi européenne de santé animale.

Le vDEP est souvent retrouvé comme co-infectant lors des infections par le vDCP (dans certains cas jusqu’à 50 % des échantillons vDCP positifs pour le vDEP) en Asie et aux États-Unis avec une prévalence¹⁵ du virus de 19,62 à 29,19 %. À ce jour, aucune détection du vDCP en Europe n’est répertoriée.

Le SeACoV, dernier coronavirus entérique émergent porcin, a lui été identifié de manière fortuite en 2016 lors d’une suspicion de DEP en Chine, où 2 foyers sporadiques ont été mis en évidence depuis^16-18. Enfin, du fait de son caractère épisodique peu d’études sont entreprises sur le vEHP, seul betacoronavirus neurotropique porcin. Sa séroprévalence mondiale est actuellement inconnue mais il peut être retrouvé dans la plupart des régions productrices de porcs. Un seul cas d’infection au vEHP a été détecté en France, en 2016, lors d’un événement clinique de vomissement chez des porcelets sous la mère.

Il est important de souligner que, mis à part le vCRP et le vGET, aucune protection croisée n’est apportée par les anticorps dirigés contre différents coronavirus porcins. Un diagnostic rapide, précis et différentiel, en particulier dans le cas des virus entériques, est donc essentiel pour le contrôle de ces maladies. Pour ce faire, la combinaison de méthodes sérologiques ELISA et de techniques de détections basées sur la RT-PCR permet d’aboutir à un diagnostic sûr. Au niveau de l’élevage, les mesures de biosécurité externes et internes jouent un rôle clé pour prévenir l’introduction de vDEP ou autre coronavirus dans un élevage ou, en cas d’introduction, pour lutter contre la diffusion du virus et de la maladie entre les différents secteurs de l’élevage.