La sélection génomique, nouvel outil contre la paratuberculose

La paratuberculose est une maladie infectieuse, contagieuse, incurable et d’incubation longue qui touche les ruminants domestiques. Elle est due à Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP) ou bacille de Johne. Elle est très résistante dans le milieu extérieur, parfois persistante dans la microfaune : des travaux de l’Institut national de la recherche agronomique (INRAE) ont identifié des bactéries revivifiables dans des amibes présentes dans des abreuvoirs.

Clinique

Maladie inflammatoire de l’intestin du bovin adulte, les animaux présentent une diarrhée simple, sans sang, avec un amaigrissement rapide. Il n’existe pas de traitement. La vaccination est imparfaite (notamment en raison des interférences avec le diagnostic de la tuberculose bovine). L’évolution est systématiquement fatale (non-valeur économique, mort).

Une épidémiologie complexe

La maladie est répandue en France, en particulier dans les élevages laitiers : sa prévalence y est estimée à 30 à 70 %. Les veaux sont réceptifs mais pas sensibles, et la maladie peut se développer tardivement. Les bovins d’un même troupeau sont plus ou moins sensibles selon leur âge, leur niveau productif et leur génétique. Les conditions d’élevage influent également le développement de la maladie (niveau alimentaire, hygiène, densité, séparation des classes d’âge). La maladie est coûteuse- entre 32 et 95€/ vache/ an dans les cheptels infectés. Les pertes directes sont imputables à la mortalité, les réformes anticipées, frais de laboratoire et actes vétérinaires, et indirectes- à la baisse de production, les restrictions commerciales et la perte de potentiel génétique.

Un diagnostic imparfait

Détecter les animaux infectés qui ne présentent pas de signes cliniques demeure le problème majeur. Dans le cas d’un animal présentant des signes cliniques suspects, le diagnostic repose sur la sérologie ou la PCR. Les animaux non excréteurs, donc difficilement dépistables, constituent un réservoir de la maladie. Le statut infectieux d’un bovin est compliqué à qualifier sur la base de quelques analyses.

Contrôle de la maladie

L’évolution lente de la paratuberculose complique son contrôle dans les élevages. La lutte repose sur des analyses répétées pour établir un diagnostic fiable, ce qui représente un coût important. Les animaux identifiés comme infectés doivent être réformés, mais la détection est généralement tardive. L’animal a donc été contaminant pour l’élevage pendant longtemps.

Une nouvelle approche

Des analyses récentes réalisées sur les races prim’holstein et normande* confirment le déterminisme génétique de la résistance des bovins à la paratuberculose. Plusieurs marqueurs à effet important ont été identifiés sur différents chromosomes de ces races, permettant une sélection de type génomique et la diffusion d’indicateurs de résistance (depuis 2022 en race prim’holstein, à partir d’avril 2024 en race normande).

L’outil génomique permet de qualifier les animaux selon 4 classes de résistance, pour faciliter la gestion des plans d’assainissement. Voici leurs atouts :

– Améliorer la résistance globale d’un troupeau ;

– Travailler sur 2 voies d’amélioration, mâle et femelle ;

– Détecter la maladie de façon précoce et à réformer les bovins sensibles ;

– Faire des économies en ciblant mieux les analyses (un animal au profil génétique « résistant » sera testé selon un protocole allégé) ;

– Conserver les animaux de haute valeur génétique sous surveillance renforcée.

L’amélioration de la résistance globale à la paratuberculose est déjà en cours en ce qui concerne la race prim’holstein. Elle va de pair avec des principes fondamentaux : des conditions d’élevage saines (alimentation, parasitisme, hygiène, etc.) et des veaux peu exposés à la bactérie.

• *Sorin V., Boulling A., Delafosse A., et al. Genes and variants involved in resistance to paratuberculosis in Holstein and Normande Cattle. 74th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, European Federation of Animal Science, 2023, Lyon, France. pp.409. bitly.ws/3f7HX

CONFÉRENCIER

Arnaud Delafosse (T 92), CES d’Épidémiologie animale, CES Pathologie tropicale, directeur du Groupement départemental sanitaire (GDS) de l’Orne.

Article rédigé d’après la présentation "Un exemple de phénotypage fin sur un caractère de santé : la génétique au service de la lutte contre la paratuberculose bovine" faite lors du webinaire "Nouveaux outils de la génétique pour la transition agroécologique des élevages" organisé par l’Association française de zootechnie (AFZ), le 22 février 2024.