Faut-il craindre la grippe aviaire ?

Le risque pandémique de l’influenza aviaire recommence à faire les gros titres dans les médias grand public. En cause : la découverte de vaches laitières infectées par le virus hautement pathogène dans plusieurs États américains, avec la détection du virus dans le lait ; et surtout une déclaration du directeur scientifique de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) du 18 avril, Jérémy Farrar, qui a fait part de son inquiétude¹ concernant le virus hautement pathogène (HP) issu de la lignée A/goose/Guangdong/1/1996, et plus particulièrement le clade 2.3.4.4b.

Détectée pour la première fois en Asie en 1996, cette lignée a progressivement évolué² donnant lieu à des épizooties locales, puis à des vagues panzootiques. En 2005-2006, le clade 2.2 (H5N1) a été à l’origine d’une première vague touchant l’Asie, puis l’Europe, le Moyen-Orient et l’Afrique de l’ouest. « Un évènement exceptionnel […] sans précédent depuis que la maladie est décrite », avaient résumé les experts de l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments³ (l’Afssa devenue l’Anses en 2010), dans un document de synthèse de 2008. Comme ils l’expliquaient, « tous les autres épisodes de « peste aviaire » identifiés au cours du siècle précédent, n’avaient connu que des extensions régionales, nationales ou intracontinentales, quel que soit le sous-type HP en cause. »

Des alertes passées

Dès janvier 2005, avant l’arrivée du virus en Russie puis dans toute l’Europe, les experts de l’OMS⁴ estimaient que le virus H5N1 présentait « un risque de pandémie considérable », et maintenant qu’il est devenu endémique (dans certaines zones d’Asie, NDLR), la probabilité d’une pandémie a augmenté. À l’époque, ils déclaraient que la situation pouvait ressembler à celle qui avait précédé la pandémie de 1918, arguant « des similitudes entre le virus H5N1 et le virus de 1918 ». Ainsi, en 2004, 45 cas en Asie du Sud-Est dont 32 mortels avaient été repertoriés⁵, soit un taux de létalité de 71 %. Un taux toutefois probablement surestimé étant donné que les cas peu symptomatiques ne sont pas forcément détectés. En parallèle, le virus circulait dans les compartiments domestique et sauvage, en association avec des abattages massifs de volailles. L’année 2004 aura aussi été marquée par des premières descriptions d’incursions chez les mammifères non humains, avec deux épisodes d’infections sévères chez des tigres et des léopards de parcs zoologiques. 

Mais finalement, la pandémie redoutée n’était pas apparue.

Des vaches touchées aux États-Unis

Une autre alerte avait émergé en 2009 avec le virus H1N1. Ce virus complexe, car multiréassortant avec des origines aviaires, humaines et porcines avait causé en France la désormais célèbre controverse liée à la commande de vaccins… suivie de son annulation. En juin 2009, l’OMS avait finalement qualifié la pandémie de « modérément grave⁶ », précisant que le virus ne présentait pas les gènes ayant rendu la souche de la grippe espagnole si virulente. Le virus, toujours en circulation, aurait causé selon une estimation entre 151 700 et 575 400 morts⁷.

Un an plus tôt, en 2008, apparaissait en Chine le fameux clade 2.3.4.4b. Entraînant presque dix ans plus tard une première vague panzootique en 2016-2017 en Asie, au Moyen-Orient, en Europe, en Afrique puis une deuxième en 2020 toujours en cours.  

Aujourd’hui, c’est l’association entre la circulation intense et mondiale de ce clade dans les compartiments sauvage et domestique, et la hausse des franchissements de la barrière d’espèces, qui préoccupe les experts. Seule l’Océanie reste épargnée. Les débordements vers les mammifères, aussi bien terrestres qu’aquatiques, sont plus fréquents, caractérisés par des épisodes de mortalité massive⁸. Et par des nouvelles espèces atteintes, oiseaux comme mammifères, dont dernièrement des bovins et des caprins⁹ aux États-Unis. La première détection avait été faite courant mars 2024 chez des chevreaux d’une ferme abritant une basse-cour de volailles déclarée positive au virus un mois plus tôt. Depuis, les détections se sont poursuivies chez des vaches laitières. Au 27 avril, 34 élevages de bovins laitiers étaient confirmés positifs au virus dans 9 États américains.

L’atteinte clinique des vaches reste toutefois minime. Les sources de contamination et les modalités de diffusion entre et intra troupeaux ne sont pas encore connues. À première vue, la voie respiratoire semble peu probable. Des traces de virus ont été trouvées dans du lait pasteurisé, mais il n’est a priori plus infectieux. Une personne travaillant dans l’un des élevages touchés a été testée positive, avec une rougeur oculaire comme seule manifestation clinique. La source de contamination reste inconnue, et les autorités sanitaires n’ont pas confirmé non plus qu’il s’agissait d’une infection active.

Des virus évolutifs

Les premières analyses génomiques des souches des bovins ne montrent pas de marqueurs clés suggérant une meilleure adaptation à l’humain. Ce constat, rassurant, ne concerne pas que les États-Unis. Comme l’indiquent les experts de l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) dans leur dernier rapport de situation¹⁰ de mars 2024, il n’y a eu aucune preuve depuis 2020 d’une infection productive chez l’humain en Europe. Les cas concernent, de plus, uniquement des personnes exposées au virus du fait de leur activité professionnelle. Aucune transmission interhumaine n’a par ailleurs été suspectée. Le risque d’infection de la population générale reste faible. Il est à noter aussi que dans le monde, depuis 2016, les infections humaines répertoriées⁵ restent sporadiques et faibles, 12 cas ou moins par an. 

Cela n’empêche pas d’être très vigilant. Les virus influenza sont, en effet, fortement évolutifs, la circulation continue virale avec les débordements chez les mammifères pouvant favoriser la sélection de variants potentiellement adaptés à l’humain. Ce risque de mutation est toutefois un processus « graduel et long », rappellent les experts de l’Efsa : « Bien que les virus de la lignée Guangdong circulent depuis vingt-huit ans, les changements génétiques clés dans le gène HA connus pour induire une transormation complète de la spécificité des récepteurs aviaires vers les récepteurs humains n’ont pas été encore identifiés ». Une évolution plus rapide pourrait être obtenue par le phénomène de réassortiment viral. « Les précédentes pandémies de grippe étaient dues à un réassortiment entre des virus provenant de différentes espèces, humaines, aviaires et porcines », précisent ainsi les experts ; « ces processus peuvent potentiellement conduire à des changements génétiques importants en peu de temps. Ils représentent le risque le plus élevé d’émergence de virus pandémiques ». Mais, à ce jour « les réassortiments ne se sont produits qu'entre sous-types viraux d’origine aviaire ».

En clair, comme on le titrait dans un article¹¹ de 2005, « la grippe aviaire reste un risque théoriquement non programmé ». Mais au vu de la situation épidémiologique actuelle, tout le monde s’y prépare. D’autant que si le virus s’adapte, « une transmission à grande échelle pourrait se produire, étant donné le statut immunitaire naïf des humains vis-à-vis des virus H5 », ainsi que le souligne le rapport de l’Efsa. Et c'est compter sans les autres clades circulants dans le monde comme le H5N1 du clade 2.3.2.1c qui est endémique dans certaines zones d'Asie et qui semble avoir plus de capacités zoonotiques. À l'OMS, Jérémy Farrar a également mis en garde¹² : « Le développement d'un vaccin n'est pas là où nous devrions être », et « les bureaux régionaux, les bureaux nationaux et les autorités sanitaires du monde entier ne sont pas non plus en mesure de diagnostiquer le H5N1. »